Tra i corridoi a volta di pietra e diversi vani, nell’ultima linea del fabbricato che guarda a valle e ad un piano un poco al disotto del restante edificio, è un’altra piccola cripta di singolare struttura.
La cripta viene chiamata triastila per le 3 colonne che ne sostengono la volta. Le tre colonne sono disposte in forma di triangolo isoscele nella cui base è posto l’altare. Su di esse scende la volta della cripta, di forma singolare, per l’ingegnoso gioco di linee di curvatura che si intersecano alla ricerca dei punti d’appoggio.
La cripta era rimasta sconosciuta sino al 1950 e gli storici anteriori che hanno descritto l’abbazia non ne parlano.
La cripta si presenta come un ambiente quadrato, caratterizzato da un’abside semicircolare, costruito interamente con piccoli filari di pietra bianca del Subasio, non squadrati. La sua superficie è di circa 58 mq, compresa l’abside che ha un arco di curvatura di 2,50, al cui centro è posto il recente altare di pietra, che sorge su una pedana di età remota.
Il pavimento, in mattoncini cotti di piccolo formato, ricorda la tecnica usata nella pavimentazione di edifici di età romanica imperiale; se ne vedono bene due zone ancora molto ben conservate.
Residui di lastre perimetrali disposte a rettangolo in mezzo alle due colonne che formano la base dell’enigmatico triangolo, fanno supporre che qui sorgesse l’altare, probabilmente, date le sue ampie proporzioni, contenente un sarcofago.
Sulla parete di fondo si aprono i due corridoi di scale, uno dei quali, oggi murato, permetteva l’accesso diretto dal chiostro.
L’insieme di questo “strano” edificio fa ritenere che esso sia notevolmente anteriore alla costruzione romanica del Monastero. Molti fanno risalire l’edificio al sec. VII-VIII.
Gli elementi che vi si trovano portano a concludere che l’edificio sia una cappella cristiana ricavata dalla trasformazione di un preesistente tempio pagano.